El término de Aguilón y sus alrededores cuenta con vestigios de población desde la Edad del Bronce (1500-1250 a.C.)
Uno de los yacimientos más destacados es la Peña Foradada, con restos que abarcan desde el Bronce Medio hasta la Primera Edad del Hierro.
Los orígenes históricos de Aguilón se remontan a la época bajoimperial romana, tras la conquista de los romanos. En este periodo se estableció el sistema de latifundios, pertenecientes a familias o individuos, entre ellos uno conocido como Aquilo o Aquilones, cuyo nombre pudo dar origen al topónimo actual.
Algunos historiadores sugieren que el nombre de Aguilón proviene de los Eguileos, una familia de patricios romanos de la que habría surgido el mártir San Aguileo. Asimismo, se menciona que Aguilón estaba ubicado en una ruta secundaria de las vías de Antonino, en el trayecto entre Agiria (Daroca) y Celsa (Velilla de Ebro).
Durante la época visigoda, en el año 499, la región fue devastada por el rey suevo Requiario y su general Basilio. Más tarde, en el 714, tras la conquista de Zaragoza por las tropas de Musa ibn Nusayr, los musulmanes tomaron control del área, introduciendo nuevas prácticas agrícolas que revitalizaron las poblaciones locales.
En 1122, Alfonso I el Batallador reconquistó Aguilón y sus alrededores. Como era costumbre, las tierras conquistadas fueron repartidas entre los nobles y las órdenes militares. En este caso, las tierras se entregaron a Roberto de Aguilón, quien más tarde ostentaría el título de Príncipe de Tarragona.
El 21 de marzo de 1576, Don Joan Pérez de Almazán y Doña Hicionima Fernández de Heredia vendieron el lugar de Aguilón a Felipe II por 18.500 sueldos. Aguilón formó parte de la Comunidad de Daroca hasta 1711, cuando pasó a integrarse en Zaragoza.
El 20 de septiembre de 1921 tuvo lugar uno de los sucesos más trágicos en la historia de Aguilón: una devastadora riada dejó un saldo de 18 fallecidos, cuarenta casas destruidas, más de doscientas personas sin hogar y numerosos heridos.
Durante la Guerra Civil de 1936, Aguilón se convirtió en una línea divisoria del frente, dejando tras de sí numerosas trincheras y posiciones que aún pueden encontrarse en la zona.
